序列比对与NGS

序列比对

• DNA motif 搜索算法总结
• 序列比对那点事儿
• DNA binding motif比对算法

NGS

• NGS分析入门：设置运行环境
• NGS分析入门：测序原始数据操作
• NGS分析入门：fastq文件的处理
• NGS分析入门：mapping reads到基因组
• NGS分析入门：操作SAM/BAM文件
• NGS分析入门：在基因组浏览器中图型化显示结果
• 如何统计BAM文件中的reads数
• MEME(Motif-based sequence analysis tools)使用说明
• 序列拼接工具Bowtie使用说明
• MACS(Model-based Analysis of ChIP-Seq)使用说明
• illumina CASAVA 序列比对使用说明
• 使用illumina CASAVA 分析任意fastq文件
• 什么是RNA-Seq (RNA Sequencing)
• 使用TopHat分析RNA-Seq结果
• 从RNA-seq结果到差异表达
• 在centOS 5上安装HTSeq
• illumina NGS常见问题
• 如何从SRA文件中分离出从对短序paired-end reads
• motif搜索的两个工具介绍
• 使用HOMER分析CLIP-SEQ数据
• 如何计算cuffdiff中的FPKM值
• 短序比对工具简介bowtie vs BWA vs Subread vs SOAP vs NovoAlign
• 关于map当中的unique mapped reads问题
• RNA-seq差异表达分析工作流程
• RNA-seq差异表达分析工作流程-2
• GATK练习题
• tophat library type 应该怎么设置