序列比对与NGS

序列比对

• DNA motif 搜索算法总结
• 序列比对那点事儿
• DNA binding motif比对算法

NGS

• NGS分析入门：设置运行环境
• NGS分析入门：测序原始数据操作
• NGS分析入门：fastq文件的处理
• NGS分析入门：mapping reads到基因组
• NGS分析入门：操作SAM/BAM文件
• NGS分析入门：在基因组浏览器中图型化显示结果
• 如何统计BAM文件中的reads数
• MEME(Motif-based sequence analysis tools)使用说明
• 序列拼接工具Bowtie使用说明
• MACS(Model-based Analysis of ChIP-Seq)使用说明
• illumina CASAVA 序列比对使用说明
• 使用illumina CASAVA 分析任意fastq文件
• 什么是RNA-Seq (RNA Sequencing)
• 使用TopHat分析RNA-Seq结果
• 从RNA-seq结果到差异表达
• 在centOS 5上安装HTSeq
• illumina NGS常见问题
• 如何从SRA文件中分离出从对短序paired-end reads
• motif搜索的两个工具介绍
• 使用HOMER分析CLIP-SEQ数据
• 如何计算cuffdiff中的FPKM值
• 短序比对工具简介bowtie vs BWA vs Subread vs SOAP vs NovoAlign
• 关于map当中的unique mapped reads问题
• RNA-seq差异表达分析工作流程
• RNA-seq差异表达分析工作流程-2
• GATK练习题
• tophat library type 应该怎么设置

R/Bioconductor

R基础

• R入门教程
  1. R的安装
  2. R语法基础
  3. R的数据结构
  4. 输入与输出
  5. 字符串处理
  6. 绘图基础
  7. R编程
• R绘图基础
  1. 布局颜色等
  2. R控制绘图区域颜色
  3. 点柱图(dot histogram)
  4. 坐标中断(axis breaks)
  5. 热图 heatmap
  6. 再论热图 (heatmap)
  7. 文氏图vennDiagram
  8. 在R中为histogram增加拟合曲线
  9. 在R中肩并肩（side-by-side）绘制箱线图（box-plot）
  10. 使用R绘制带比例的饼图 Pie Chart with Annotated Percentages
  11. 如何使boxplot的宽度窄一些
  12. ggplot2极简(Minimalism)绘图
  13. 在R中画五角星
  14. 在R中给对数坐标系加上对数形式的坐标轴
  15. 3D plot genomic tracks
• R输入输出
• R中的environment
• R中的逻辑运算符&, &&, |, ||
• R字符串处理

R进阶

• R中的pipelining（chaining）概念
• magrittr – Ceci n’est pas un pipe.
• R数据分析当中的化整为零（Split-Apply-Combine）策略
• 关于R当中的tapply
• 关于R当中的mapply
• 在R中为for loop, apply loop增加进度条（progress bar）
• R调用C程序
• R当中调用C
• R调用c++的hello world程序
• 将R包中的vignettes的Rnw文件转换成PDF文件
• 编辑中文的Rnw文件
• 在rmd文件中自动改变图片的长度或者宽度
• 从Rnw到Rmd, 改写vignette
• substitute() in S4
• mac OS下R安装universal版本的package
• R面向对象编程(Object-oriented programming(OOP))
• 如何创建一个R扩展包
• R扩展包的写作规范
• R/Bioconductor开发中import和depend的区别
• 使用RStudio结合devtools开发bioconductor扩展包
• 使用bioconductor的BiocStyle书写package vignettes
• 使用RStudio维护bioconductor软件包
• 为R/Bioconductor开发调整RStudio
• 如何使用bioconductor docker来debug程序中的错误
• 多版本R并存
• 每天更新R原码 svn R source
• 如何获取R中代码的运行效率
• 如何让R自动保存历史记录（auto save R history before crash）
• 使用R图形化显示不同组数据之间的相互关系 Graphically analyzing variable interactions in R
• 如何在R中使用超几何分布计算p-value
• Bioconductor并行(parallel)运算
• R为什么认为它们不相等
• R的内存管理
• 变更Rcpp的compiler

Bioconductor应用

• Bioconductor简介
• Bioconductor软件包下载统计
• bioconductor基础IRanges/GenomicRanges
• 基因芯片
  1. Bioconductor基础ExpressionSet介绍
  2. 如何为affymetrix exon array chip创建一个R下的annotation package
  3. 在bioconductor中生成PrimeView Human Gene Expression Array的annotation database
  4. 使用xps和oligo分析Affymetrix Exon/Gene ST Arrays
  5. 使用xps分析affymetrix genechip
  6. bioconductor系列教程之一分析基因芯片上
  7. bioconductor系列教程之一分析基因芯片中（质量控制）
  8. bioconductor系列教程之一分析基因芯片下（数据分析）
  9. bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序
  10. bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程（上）
  11. bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程中（质量控制）
  12. bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程下（综合应用）
  13. bioconductor系列教程之三–Affymetrix 外显子(exon)分析综合
  14. 使用bioconductor分析及处理Affymetrix SNP芯片
  15. 使用pd.genomewidesnp.6为GenomeWideSNP_6做注释
  16. 使用Bioconductor下载GEO（Gene Expression Omnibus）上的数据
  17. MeSH分析
• NGS
  1. edgeR案例学习：deepSAGE分析
  2. 使用DEXSeq分析NGS数据中的exon表达差异
  3. 理解edgeR
  4. RNA-seq数据基因水平表达差异分析
  5. Rsamtools基础知识问答
• 注释
  1. 使用BiomaRt获得在线注释信息
  2. 如何使用biomaRt做hg19注释
• 使用R进行Gene Ontology(GO)富集分析过程中如何导出某一特定GO词条下所有的基因
• GO/KEGG富集分析enrichment analysis
• 如何使用R将DAVID功能分析中的function annotation cluster结果2D图合并显示
• 关于代谢途径(metabolic pathway)数据库
• 使用Bioconductor画染色体示意图ideograms
• 使用pathview图形化显示KEGG富集结果
• R当中的circos——OmicCircos
• 从org.Xx.eg.db包中提取基因起止位置
• 如何使用bioconductor做liftover
• 使用TranscriptDb获取所有的exons以及introns
• 使用R按照指定宽度计算覆盖率（calculate coverage by bins）
• 如何得到exon numbering
• 关于GenomicRanges::GRanges的几点
• RLElist to GRanges
• cbioportal的CGDS-R库使用介绍

故障与技巧

• 在Ｒ中遇到Warning: unable to access index for repository
• 使用Rcpp库在R下书写c++程序遭遇”memory not mapped”错误
• R安装遇到的两个小问题
• 安装Rgraphviz遇到的怪异问题（已解决）
• R 小技巧收集
• bioconductor troubleshoot 收集(不定期更新)
• R CMD check package遇到Error: cannot add bindings to a locked environment错误
• 升级完R后如何快速安装所有安装过的包
• 如何在Mac OS X下打开多个R GUI
• R中如何读取大数据
• 使用biocLite从原文件安装
• 使用R从网页中提取表格
• 使用Rcurl提交表单
• 升级Bioconductor至2.13
• 在R3.3中安装Bioconductor最新安装包
• 使用Excel对于生物信息学的潜在错误
• median center normalization
• 如何获取venn diagram中的基因列表
• IUPAC strings to pcm
• 如何使用R保存base64图像至文件